K nápravě došlo za vlády Václava IV., kdy máme již spolehlivé zprávy z roku 1407, že dům čp. 604 na Staroměstském náměstí spolu se sousedním domem patřil Týnské škole. K onomu druhému domu si škola "pomohla" díky události pro krále velmi nepříjemné, ba ponižující - jeho věznění příslušníky odbojné panské jednoty. Měl v něm prsty i Václavův bratr, uherský král Zikmund, který roku 1402 purkmistrovi Starého Města pražského nařídil, aby svého panovníka zatkl. Co měl tento ctihodný hodnostář dělat? Uposlechl rozkazu korunované hlavy, jejímž poddaným ovšem nebyl, a to se mu později vymstilo. Když se král Václav na podzim 1403 vrátil ze zajetí, potrestal purkmistra za jeho nepevný postoj vyvlastněním zmíněného domu, který se tak stal majetkem Týnské školy. Její učitelé a žáci purkmistrovi za jeho "zakopnutí" jistě tiše blahořečili...
Roku 1438 založil vlivný staroměstský patricij Jan Reček kolej pro dvanáct studentů národa českého víry podobojí, nesoucí název Collegium sanctissimae Mariae virginis. Právě k této univerzitní fundaci měla Týnská škola pevné vazby. Navíc sdílela v pohusitské době osud farních, klášterních a katedrálních škol, které sice přestaly náležet církvi, ale na většině z nich výuka plynule pokračovala v původních budovách. Přeměnily se v takzvané školy partikulární, podléhající správě příslušného města, dohled nad výukou si postupně prosadila kališnická univerzita, sídlící v Karolinu. Rektor univerzity měl právo jmenovat do těchto škol učitele a samozřejmě i jejich představené, kteří v mnoha případech užívali též titulu "rektor". Kolem roku 1475 působil v Týnské škole svěží třicátník Matěj Rejsek z Prostějova, známý stavbou a výzdobou Prašné brány. Pedagogických zkušeností zde nabyl rovněž mistr Marek Bydžovský z Florentýna, který byl odtud roku 1567 povolán na univerzitu; posléze byl zvolen i rektorem. Všechno si však pokazil svým sňatkem se zámožnou vdovou. Nejenže porušil tehdy závazný profesorský celibát, ale navíc měl tu troufalost, že odvezl do svého nového domova některé univerzitní písemnosti.
V pobělohorském období byla Týnská škola rekatolizována, za vlády Marie Terezie a Josefa II. ji zasáhly osvícenské reformy. V tehdejší síti škol triviálních, hlavních a normálních byla přeměněna ve školu hlavní, roku 1776 chlapeckou, v roce 1779 následovala škola dívčí. Hlavní školy, působící ve větších městech, poskytovaly, kromě výuky čtení, psaní, počtů a náboženství, vzdělání v dalších předmětech, potřebných pro vyšší studium, a navíc i průpravu pro různá řemesla. V osmdesátých letech 18. století nahradila dosavadní latinu němčina, jakožto vyučovací jazyk.
Roku 1849 byla v habsburské monarchii uzákoněna reforma školství, známá pod jménem tehdejšího ministra Lva Thuna. Tehdy při Týnské hlavní škole vznikla nižší reálka (podreálka). V šedesátých letech, kdy se monarchie rozloučila s absolutistickou formou vlády, se škola počeštila, němčina byla zařazena do výuky jako závazný předmět. Po další školské reformě v roce 1869 se Týnská škola přestěhovala do uvolněných prostor v nedalekém klášteře u sv. Jakuba, v rámci změn se přejmenovala na Staroměstskou školu měšťanskou a obecnou.
Po roce 1989 byla Týnská škola - Collegium sanctissimae Mariae - obnovena, sídlo má v Melantrichově ulici čp. 971. V úzké spolupráci s Univerzitou Karlovou, zejména s její Filozofickou a Pedagogickou fakultou, se snaží navázat na křesťanské tradice ve výuce hudby a výtvarného umění a zároveň vychovat ze svých studentů morálně vyspělé, zodpovědné a harmonické osobnosti.