Celosvětový rozmach přírodovědeckého bádání od zlomu 19. a 20. století a uplatňování jeho výsledků v průmyslu, zemědělství a ve všech oblastech společenského života výrazně zasáhl i do života univerzity.
Na tehdejší české univerzitě byly přírodní vědy studovány na Filozofické fakultě. Její široké zaměření však přestalo vyhovovat specifickým požadavkům přírodovědeckých disciplín. Již v roce 1908 podali přední čeští přírodovědci návrh na vytvoření páté - přírodovědecké fakulty.
První světová válka však uskutečnění tohoto návrhu oddálila. Teprve po vzniku samostatné ČSR v roce 1918 došlo k dalšímu jednání, jehož výsledkem bylo zřízení samostatné přírodovědecké fakulty v roce 1920. Pátá fakulta univerzity měla tyto studijní obory: matematiku, fyziku, astronomii, chemii, geologii, geografii, biologii a farmacii.
Nová fakulta navázala na předchozí činnost přírodovědných ústavů, v jejichž čele stály významné osobnosti české vědy s bohatou badatelskou činností a pedagogickou zkušeností. Nový institucionální rámec české přírodovědy v podmínkách budování samostatného státu byl pozitivním impulsem pro dynamický rozvoj všech přírodovědných oborů.
Na konci třicátých let se stala Přírodovědecká fakulta se svými 18 ústavy, dvěma semináři a dvěma prosemináři pracovištěm, které se mohlo svými vědeckými výsledky a úrovní svých absolventů směle srovnávat s předními přírodovědeckými institucemi v Evropě.
Mnichov a následná německá okupace, která vedla ke zrušení českých vysokých škol a perzekuci vědecké inteligence, znamenala přerušení dosavadního vývoje. Mnoho učitelů i studentů bylo zavlečeno do koncentračních táborů a mnozí z nich položili za protifašistický odboj i svůj život. Mezi nimi bylo i šest profesorů Přírodovědecké fakulty.
Po krátkém období od května 1945 do února 1948 vyznačujícím se pracovním entuziasmem a snahou vyrovnat se s vynuceným zpožděním způsobeným okupací a válkou, nastává opět dlouhé období dusivé atmosféry totalitního komunistického režimu.
Po únorovém převratu dochází k bezhlavému kopírování sovětských zkušeností, počínaje organizací školství a vědy, až po přímé ideologické zásahy do vědeckého poznání (odmítání genetiky, kybernetiky apod.). To, spolu s neustálými politickými prověrkami učitelů i studentů a častými reorganizacemi, narušovalo kontinuitu vědeckého bádání a výuky.
V roce 1952 dochází k rozdělení Přírodovědecké fakulty na tři samostatné fakulty: Fakultu matematicko-fyzikální (zahrnující studium matematiky, fyziky a chemie), Fakultu biologickou a Fakultu geologicko-geografickou. Toto rozdělení se však neosvědčilo a v roce 1959 proběhla další reorganizace. Vzniká Matematicko-fyzikální fakulta a zbývající dvě fakulty, spolu se studijním oborem chemie, vytvářejí přírodovědeckou fakultu v její dnešní podobě. Organizační změny probíhaly i na úrovni jednotlivých ústavů. V roce 1950 byly přeměněny na katedry a i ty se neustále měnily (o studijních programech nemluvě). Ale ani v této, pro vědu nepříznivé, společenské situaci neustala tvůrčí vědecká činnost. Díky bohatým tradicím a autoritě představitelů přírodních věd, výuky a vědecký výzkum udržují krok s pokračujícím rozvojem přírodovědeckého poznání ve světě.
Ve stručném příspěvku nelze ani vyjmenovat úspěchy jednotlivých oborů. Nejvyššího mezinárodního ocenění - Nobelovy ceny za chemii - se dostalo v roce 1959 profesoru fyzikální chemie Jaroslavu Heyrovskému (1890 - 1964) za objev elektrolýzy se rtuťovou kapkovou elektrodou a konstrukci polarografu z roku 1922. Využití tohoto přístroje dalo vzniknout světoznámé polarografické metodě a znamenalo obrovský přínos pro rozvoj fyzikální chemie a dalších chemických disciplín.
Další významnou osobností z řad biologů byl geobotanik profesor Vladimír Krajina (1905 - 1993). Profesor Krajina byl za svou činnost v protifašistickém odboji vězněn v Terezíně a v roce 1948 musel před pronásledováním komunistickým režimem emigrovat do Kanady. Tam založil školu lesnické ekologie a vychoval mnoho následovníků. Za svou činnost získal četná uznání včetně Řádu Kanady. V roce 1990, kdy mohl opět navštívit Československo, byl prezidentem Václavem Havlem vyznamenám za zásluhy v boji za svobodu a demokracii Řádem Bílého lva 1. stupně.
Vědecká a morální autorita těchto osobností je stále živým příkladem a vzorem současným pracovníkům a studentům Přírodovědecké fakulty, stejně jako odkaz dalších významných vědců, kteří zde nemohou být uvedeni.
Nová kapitola historie Přírodovědecké fakulty se otevírá po roce 1989, kdy dochází k obnově univerzitní obce na demokratických základech, umožňujících další rozvoj vědeckého výzkumu a širokou spolupráci se zahraničními pracovišti.
Dne 26. 4. 1997 uplyne 90 let ode dne, kdy císař František Josef I. v rámci své poslední cesty do Prahy navštívil nový chemický ústav na Albertově (ten byl předán akademické obci v roce. 1905).
Těsně před příchodem panovníka vstoupil do budovy, kde byli seřazeni ve špalíru profesoři a docenti filozofické fakulty, C. K. ministr kultu a vyučování Marchet, který profesory nepozdravil a nebyl proto ani jimi vzat na vědomí.
Panovník byl uvítán rektorem Hlavou, který představil děkana filozofické fakulty Sobotku, profesory Vrbu (mineralogie), Gebauera (filologie), Golla (historie), Strouhala (fyzika). Na uvítání odpověděl císař: "Děkuji za uvítání a těším se, že seznám, jak má vláda o důstojné umístění staroslavné české university Karlo-Ferdinandovy ve prospěch vědy a bádání pečuje". Tato poznámka byla přijata "s hlubokým dojmem", neboť to bylo vůbec poprvé, kdy císař použil takových slov.
Z profesorů, pracujících v ústavu, představil rektor dále Braunera a Bělohoubka. V laboratoři Braunerově se císaři líbila rtuťová vývěva a prohlásil: "Zajímá mne, jak elektřina v době současné mnoho služeb lidstvu prokazuje". Zajímal se dále o platinové nádobky a tázal se, proč je platina tak drahá. Byly mu dále ukázány temné komory a sdělil, že "takovou praktickou laboratoř ještě neviděl". V laboratoři profesora Bělohoubka mu bylo sděleno, že zde byly zkoumány padělky, na jejichž základě byly získány neprávem šlechtické tituly. Řekl: "Tu tedy mnoho šlechticů stalo se opět měšťany. Tady jste to tedy vyšetřoval?"
S návštěvou byl velmi spokojen a několikráte to opakoval, takže rektor Hlava byl za dva týdny po císařově návštěvě jmenován členem panské sněmovny.
Zlomyslní žurnalisté si povšimli, že právě v chemickém ústavu české univerzity a potom ještě ve fyziologickém ústavu německé univerzity, nebyly schody kryty kobercem, neboť erár nenechal zabudovat kroužky k upevnění tyčí na schodišti. Byly to jediné veřejné budovy, kde šel panovník po holém schodišti.
Ach, to Rakousko - Uhersko...