Akademický senát UK schválil na svých zasedáních ve dnech 22. a 29. ledna 1999 nový Statut Univerzity Karlovy, včetně 10 příloh, mimo jiné Organizační řád UK, Řád přijímacího řízení, ustanovení o poplatcích za studium a pravidla hospodaření, a dalších osm vnitřních předpisů univerzity: Studijní a zkušební řád, Disciplinární řád pro studenty, Stipendijní řád, Rigorózní řád, Řád celoživotního vzdělávání, Vnitřní mzdový předpis, Řád výběrového řízení a Jednací řád vědecké rady UK.
Vnitřní předpisy jsou základní dokumenty vysoké školy upravující její organizaci a činnost v záležitostech, které patří do její samosprávné působnosti, např. vnitřní organizace, tvorba a uskutečňovaní studijních programů, organizace studia, pracovněprávní vztahy, hospodaření a nakládání s majetkem apod. Nový vysokoškolský zákon, který přinesl zásadní změnu v postavení a činnosti vysokých škol, vyžaduje některé vnitřní předpisy povinně, další si může vysoká škola vypracovat z vlastního rozhodnutí, pokud tak stanoví statut, který je základním vnitřním předpisem. Z povinných vnitřních předpisů na UK zbývá ještě schválit volební a jednací řád akademického senátu, celkově však statut stanoví, že je nutné přijmout dalších 16 vnitřních předpisů. Tyto předpisy by měly být vypracovány ještě v tomto semestru.
Vnitřní předpisy schvaluje akademický senát vysoké školy a poté podléhají registraci Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy, při které se posuzuje jejich soulad s právními předpisy. Teprve pak nabývají platnosti, účinnost je však u mnohých z nich stanovena na dobu pozdější, např. od dalšího kalendářního měsíce nebo, u studijních předpisů, od začátku akademického roku 1999/2000.
Nyní se též musí rozběhnout náročná práce na vnitřních předpisech jednotlivých fakult, které po schválení jejich návrhu akademickým senátem fakulty schvaluje akademický senát UK.