Dne 4. února 2000 byli na zasedání Akademického senátu UK představeni rektorem UK noví členové jeho kolegia.
"Sestavování kolegia bylo komplikovanou záležitostí...", prohlásil prof. Ivan Wilhelm, rektor UK.
Podle jeho slov by KR UK mělo být týmem, který bude naplňovat programové záměry, se kterými šel do voleb.
Rektor seznámil senátory AS UK s šesti prorektory - s dovětkem, že jednání o obsazení místa prorektora pro zahraniční styky nejsou dosud uzavřena (po dobu maximálně dvou měsíců bude touto oblastí pověřen prof. Petr Čepek, dosavadní prorektor UK). Rektor UK objasnil také volbu šestého prorektora, prorektora pro pro vnější vztahy. Ten bude mít, jak pravil, zcela jinou pracovní orientaci, nežli jeho předchůdce, který zodpovídal především za oslavy 650. výročí založení UK. V novém kolegiu se zatím objevují dva lékaři, dva přírodovědci a jeden právník. Novinkou mezi prorektory jsou dvě ženy, navíc prof. Eva Kvasničková (bývalá děkanka Farmaceutické fakulty v Hradci Králové) se stává první prorektorkou z mimopražských fakult, které jsou ve svazku UK. Prof. Petr Widimský je mezi kandidáty nejmladší, prof. Pavel Klener zase demonstruje kontinuitu s kolegiem rektora prof. K. Malého.
Členové AS UK s doporučenými osobnostmi na funkce prorektorů vyjádřili souhlas. Novými prorektory UK se od 7. února 2000 stávají: prof. MUDr. Pavel Klener, DrSc. - věda a výzkum; prof. RNDr. Eva Kvasničková, CSc. - sociální záležitosti; doc. RNDr. Jaroslava Svobodová, CSc. - studijní záležitosti; doc. JUDr. Vladimír Vopálka, CSc. - vnější vztahy a prof. MUDr. Petr Widimský, DrSc. - problematika rozvoje.
Na snímku zleva: doc. V. Vopálka, doc. J. Svobodová, prof. E. Kvasničková a prof. P. Widimský
Během vědecké rady UK dne 27. ledna 2000 předal odstupující rektor UK prof. Karel Malý spolu s nově jmenovaným rektorem prof. Ivanem Wilhelmem jmenovací dekrety zvoleným děkanům jednotlivých fakult Univerzity Karlovy. Pouze na dvou fakultách ze šestnácti není volba děkana dosud vyřešena (na HTF UK končí mandát stávajícího děkana prof. Z. Kučery 22. února - další kolo voleb se do té doby uskuteční a na KTF UK se jedná o vnitrouniverzitní problém, zjišžuje se, zda volba prof. Wolfa proběhla podle schváleného volebního řádu). Jak oznámil rektor UK, podle rozhodnutí akademických senátů jednotlivých fakult byli zvoleni děkani, kteří obdrželi své jmenovací dekrety. (K volbě děkana LF UK v Hradci Králové dojde až v průběhu tohoto roku.) Po slavnostním bodu programu se slova ujal prof. Z. Kučera, poděkoval odstupujícímu rektorovi za veškerou práci, kterou pro Univerzitu Karlovu za dobu svého působení vykonal a předal mu pamětní medaili HTF UK. První rektor zvolený po listopadu 1989, člen VR UK prof. R. Palouš, pak uvítal prof. Malého "do sboru emeritů". Podle jeho vyjádření bilance práce odstupujícího rektora UK je vynikající - "a ty můžeš odcházet s hlavou vztyčenou", prohlásil prof. Palouš. Prof. Karel Malý poděkoval za projevené pocty a prohlásil: "To krásné na rektorském úřadu je, že se nerozhodujete o svém odchodu. Rozhoduje zákon. A můj odchod na domovskou PF UK je šťastný..."
Na svém zasedání AS UK ve Vlasteneckém sále Karolina dne 4. února 2000 bylo předáno 57 osvědčení nově zvoleným senátorům (mezi plným počtem 66 členů vrcholného orgánu UK zatím chybí senátoři ETF a KTF UK). Mezi více než pěti desítkami je 11 žen, členy senátu je mimo jiné 9 lékařů, 9 přírodovědců a 9 filozofů. Předsedou AS UK byl v tajném hlasování zvolen doc. MUDr. Vladimír Geršl, CSc. (z LF v Hradci Králové), místopředsedou se stal JUDr. Ing. Josef Staša, CSc. (PF UK). Zvoleni byli i další členové předsednictva: prof. PhDr. Marie Dohalská, DrSc. (FF), doc. PhDr. Michal Šobr, CSc. (FSV) a za studentskou komoru: Mgr. Jiří Hanika (MFF), Martin Mokrejš (PřF). Jako poděkování za činnost předal rektor UK odstupujícímu předsedovi AS UK prof. RNDr. Janu Bednářovi, CSc. pamětní medaili Univerzity Karlovy.
V další části svého vystoupení představil rektor UK navrhované kandidáty na funkce prorektorů. AS UK vzal se souhlasem na vědomí návrhy rektora na jmenování nových prorektorů (více informací na str....).
Prohlášení Mistra Jana Husa za jednoho z reformátorů církve, k němuž došlo ve Vatikánu na prahu Velkého jubilea, vyvolalo, a asi ještě dlouho bude vyvolávat v české veřejnosti úvahy o významu a včasnosti tohoto aktu, o jeho kořenech a dosahu.
Nově formulované stanovisko papeže Jana Pavla II. a okolnosti, za nichž bylo zveřejněno, mají ovšem zvláštní význam nejen pro křesťanské církve, ale i pro Univerzitu Karlovu. Zajisté už proto, že jde o jednoho z rektorů pražského vysokého učení, a že Husovo kaceřování před téměř šesti staletími mělo pro naši školu tak dalekosáhlé důsledky. Závážnosti římského setkání odpovídala také reprezentativní účast delegace Univerzity Karlovy na mezinárodní konferenci, která se konala na papežské Lateránské univerzitě 15.- 17. prosince 1999, i při všech doprovodných
aktech. Na konferenci o Janu Husovi pronesl jeden ze zásadních referátů rektor UK prof. Karel Malý, který hovořil o svém dávném předchůdci a o jeho vztahu k pražské univerzitě. Zhodnotil Husovu osobnost a odkaz, k nimž se naše univerzita trvale hlásí, a v živé diskusi o povaze kostnického rozsudku zdůraznil, že při jeho posuzování nemůže jít jen o pozitivní právo, nýbrž také o hledání spravedlnosti a obecného dobrého za hranicemi dobového výměru práva, což je právě jeden z klíčů k posouzení Husovy mravní velikosti.
Na konferenci zazněla řada dalších referátů, jež připravili učitelé UK, zejména prof. Zdeňka Hledíková a doc. Jan Royt (FF), dr. Milena Bartlová a doc. Petr Čornej (PedF), prof. Jaroslav V. Polc (KTF), David R. Holeton a prof. Zdeněk Kučera (HTF) či dr. Martin Wernisch (ETF). Jejich zásluhou se podařilo - převážně syntetickým způsobem - osvětlit základní historické, teologické a právní souvislosti Husova působení a myšlení. Mezi referenty a účastníky však nechyběli ani další spolupracovníci a také čestní doktoři UK - prof. Ferdinand Seibt, předseda mnichovského Collegia Carolina, a prof. Rudolf Zahradník, předseda Akademie věd ČR. Ostatně i hlavní organizátor konference P. František Holeček patří mezi absolventy Filozofické fakulty UK. Cesta k novému hodnocení Jana Husa katolickou církví, trvající celá desetiletí, se také jejich zásluhou dočkala na této konferenci důstojného vědeckého završení.
Neméně důležitá byla společenská stránka setkání, která dne 17. prosince 1999 vyvrcholila audiencí účastníků konference u papeže Jana Pavla II. a jeho projevem o Janu Husovi. I pro univerzitní život je důležitý papežův důraz na vědecké bádání o minulosti, které by mělo směřovat k překonání předsudků a vést k objektivnímu a tím i osvobozujícímu pochopení minulosti. Při večerním slavnostním zasedání v římském chrámu Santa Croce in Gerusalemme, titulární bazilice kardinála Miloslava Vlka, bylo pěti osobnostem uděleno vysoké papežské vyznamenání "Pro ecclesia et pontifice". Tři z nich jsou učiteli UK (rektor prof. Karel Malý, děkan HTF prof. Zdeněk Kučera a historik doc. Jan B. Lášek), další dva patří mezi čestné doktory UK (prof. Rudolf Zahradník a vynikající znalec východních církví prof. Tomáš Špidlík). Pro úplnost je třeba uvést, že přijetím do papežského Řádu sv. Silvestra byl oceněn jeden z historiků, doc. Jiří Kejř. Skutečnost, že papežská vyznamenání byla udělena i vědcům stojícím mimo katolickou církev, dokládá, jak silně se zde uplatnily ekumenické přístupy k výkladu sporné minulosti. Univerzita Karlova sehrála tedy na setkání, jež hledalo a formulovalo nové pohledy na svého někdejšího rektora Jana Husa, podstatnou úlohu. Rektor prof. Karel Malý to vyjádřil rovněž předáním Zlatých medailí UK dvěma čelným osobnostem, jež se z vatikánské strany zasloužily o úspěch na této cestě. Laureáty se stali kardinál Roger Etchegaray a Msgre. Crescenzio Sepe, předseda a generální sekretář Ústředního výboru pro přípravu Velkého jubilea. Kardinál Miloslav Vlk, někdejší absolvent Univerzity Karlovy a dnes Velký kancléř její Katolické teologické fakulty, v závěrečném slově na konferenci vyzvedl tři pozoruhodné skutečnosti: jednání o Husovi bylo "sympoziem v domě papežově", při svém mezinárodním charakteru zdůraznilo váhu českého tématu a českého jazyka (z větší části bylo vedeno v češtině a simultánně tlumočeno do italštiny) a konečně vyznačovalo se mimořádnou kulturou dialogu. Husovská konference a s ní spojené setkání na půdě Vatikánu a Lateránské univerzity přinesly všem účastníkům řadu podnětů. Mezi ně patří právě nezbytná kultura dialogu a snaha o porozumění. Tyto podněty by měly přenášet do veřejného života nejen církve, ale i univerzity...
Prorektor UK prof. Ivan Wilhelm přijal dne 19. ledna 2000 v reprezentačních místnostech Karolina představitele Nadání Josefa, Marie a Zdeňky Hlávkových: doc. PhDr. Jaroslava Nedvěda, CSc., předsedu správní rady nadání, prof. JUDr. Václava Pavlíčka, Csc., místopředsedu a PhDr. Dagmar Rýdlovou, CSc., tajemnici. Neformální schůzka s neformálním charakterem měla především seznámit budoucího rektora UK s programem nadační činnosti na letošní rok (zahrnuje - mimo jiné - Mimořádnou cenu Josefa Hlávky, jeho Cenu pro nejlepší studenty a absolventy pražských vysokých škol a Cenu pro mladé talentované pracovníky AV ČR). 
Každoročně v měsíci listopadu uděluje nadace také Medaili Josefa Hlávky, určenou nestorům české vědy a umění jako výraz ocenění jejich celoživotního díla. Jak prohlásil předseda správní rady Nadání J., M. a Z. Hlávkových doc. J. Nedvěd, "představuje Univerzita Karlova v posledních deseti letech největšího partnera nadační činnosti" (jde asi o 30%, s objemem prostředků ve výši osmi milionů korun). Za další oblast společného zájmu označili představitelé nadace a UK shodně budovu koleje v Jenštejnské ulici číslo 1. V roce 1904 věnoval Josef Hlávka Spolku studentů pražských vysokých škol kolej v centru Prahy. Po rozsáhlé rekonstrukci jsou studenti k ubytování v Hlávkově koleji opět vybíráni podle principu uplatňovaného v období let 1904 - 1939 (ten přinášel možnosti vzniku osobních mezioborových kontaktů, které provázely studenty této koleje po celý život). V současné době je kolej majetkem ČVUT, celá kapacita je využívána k ubytování studentů doktorského prezenčního studia, kteří dosahují výborných studijních výsledků. Nadání projednalo s budoucím rektorem UK možnost ubytování v Hlávkově koleji (od letního semestru 1999/2000) a ten ji uvítal zejména vzhledem k pro evropskému standardu ubytování, který by mohl uspokojit nejen vybrané doktorandy ze všech fakult UK.
Odkaz Jana Palacha a Jana Zajíce připomíná od 16. ledna 2000 pomník pod Národním muzeem na Václavském náměstí. Ze zvlněné dlažby se vynořuje bronzový kříž. 
Netradiční pomník oběma studentům byl odhalen jednatřicet let po hrdinském sebeupálení Jana Palacha. Kříž se jmény obou studentů a letopočty jejich narození a úmrtí je přímo na místě, které si Jan Palach vybral ke své oběti a představuje postavu jako pochodeň. Nový památník odhalil starosta Prahay 1 Jan Bürgermeister spolu se zástupci Společnosti Jana Palacha ze Všetat (rodiště Jana Palacha) a společnosti Thimm, která zaplatila přibližně polovinu z celkové sumy 435 tisíc korun. Autory památníku jsou výtvarnice Barbora Veselá a architekti Čestmír Houska a 
Jiří Veselý. Jejich návrh, bronzový kříž na dvou mohylkách, vyhrál veřejnou soutěž. Poloha kříže vyznačuje směr, kudy hořící Jan Palach běžel. Pomník je velmi nenápadný, což bylo podle slov autorů úmyslem. Dílo totiž, podle jejich vyjádření, má působit "střídmě a neokázale". Památku 31. výročí úmrtí Jana Palacha (11. 8. 1948 - 19. 1. 1969), studenta Filozofické fakulty UK, si připomenuli také její studenti a pedagogové -na snímku. Během své lednové návštěvy ve Všetatech rektor UK K. Malý uvedl, že UK vyhlásí mezinárodní soutěž s Palachovým jménem.
Ve středu 2. února 2000 předal rektor UK prof. I. Wilhelm čestnou medaili UK prof. Václavu Krutovi. Ředitel Ústavu pro klasickou archeologii Filozofické fakulty UK prof. J. Bouzek její udělení zdůvodnil a zdůraznil osobní angažovanost prof. Kruty při spolupráci mezi francouzskými institucemi a Univerzitou Karlovou. Oceněnil též jeho vynikající výsledky v bádání o Keltech v Evropě.
Prof. V. Kruta se narodil v roce 1939 v Saumur ve Francii, matka byla Francouzka, otec český profesor lékařství. V. Kruta vystudoval klasickou archeologii v Brně, později působil v Archeologickém ústavu ČSAV v Praze a Mostě. Počátkem sedmdesátých let odešel do vlasti své matky, kde se v roce 1972 stal profesorem na prestižní Ecole Pratique des Hautes Etudes. Vede zde studia evropské protohistorie, současně je ředitelem Střediska keltských studií v CNRS.
Je autorem dvaceti knih, z nichž některé vyšly v několika překladech, dále publikoval množství článků a studií v prestižních zahraničních časopisech.
Prof. V. Kruta prohlásil, že si udělené pocty nesmírně váží a zavazuje jej současně ještě k užší spolupráci s Univerzitou Karlovou.
Dne 24. ledna 2000 byla ve Velké aule Univerzity Karlovy slavnostně zahájena konference bádensko - würtemberských univerzit s jejich středo- a východoevropskými partnery ze zemí, které se chystají ke vstupu do EU, a partnerskými univerzitami ve Švýcarsku. Setkání Společně pro budoucnost bylo orientováno především na vědecko-výzkumnou spolupráci v rámci 5. Rámcového programu EU. Mezi přítomnými byli mimo jiné Klaus von Trotha, ministr Bádenska - Würtemberska pro vědu, výzkum a umění, doc. Ing. Josef Průša, náměstek ministra školství ČR, Dr. Richard
Escritt z generálního ředitelství pro výzkum Evropské komise v Bruselu, rektoři a zástupci vedení pořádajících univerzit, rektoři českých a slovenských univerzit a zástupci akademické obce. Prof. Dr. Hans Wolf, rektor Univerzity v Ulmu a předseda Zemské rektorské konference bádensko - würtemberských univerzit ve své řeči uvedl, že věda a a výzkum by se mohly stát příkladem úspěšné evropské spolupráce. Doc. Ing. J. Průša, zdůraznil, že účast České republiky na 5. rámcovém programu pro vědu a výzkum EU, rektor basilejské univerzity, prof. Dr. Ulrich Gaebler připomněl silnou tradici vědění jna východoevropských a středoevropských univerzitách, rektor Univerzity pro technologii a hospodářské vědy v Budapešti, Prof. Dr. Akos Detreköi, vyzdvihl význam vzdělávacích institucí ve sjednocené Evropě. Rektor UK, Prof. JUDr. Karel Malý předal poté panu Klausovi von Trotha pamětní medaili Univerzity Karlovy (na snímku vlevo). Řečí rektora Univerzity Karlovy bylo slavnostní zahájení konference ve Velké aule ukončeno. Konference pokračovala celou řadou přednášek a zajímavých diskuzních vystoupení.
